CSSをHTMLに適用するには、主に3つの方法があります。基本は「1. 外部ファイル」を使いますが、テストや特殊なケースで他の2つも使われます。
HTMLで名前を付け、外部の style.css などで呼び出す最も一般的な方法です。
HTMLの <head> 内に <style> タグを作って直接書く方法です。そのページだけに適用したいスタイルがある時に便利です。
HTMLタグの属性として style="..." と書き込みます。最も優先順位が高い書き方です。
インラインスタイルを多用すると、CSSファイルでいくら指定を変えても上書きできなくなります(優先順位が強すぎるため)。「どうしても」という時以外は避けるのがプロの作法です。